1. القيام بإدارة  جميع الاموال الخاصة بالجامعات حسب موجهات الدولة وسياسات التعليم العالي والجامعة.
2. إعداد الموازنة التقديرية لكل حسب الموجهات العامة وخطط الجامعة.
3. القيام بالإعمال المالية وفق القانون واللوائح والإجراءات بعد التصديق عليها من جهة الاختصاص.
4. إعداد الحسابات الشهرية من تسويات وحساب ختامي وفق المعاير المعمول بها دوليا.
5. متابعة تغذيات وزارة المالية الشهرية للجامعة.
6. إعدادا التقارير المالية وتقديمها للادارة العليا.
7. إعداد قوائم الحسابات الختامية في نهاية كل عام مالي ورفع الأمر لوزارة الدفاع والمراجع القومي.
8. الإشراف المباشر على حسابات القبول على النفقة الخاصة من ايرادات ومصروفات.
9. ضبط العمل المالي وفق دورة مستندية محددة.
10. فتح الدفاتر المطلوبة لتسجيل  عمليات المحاسبة من وارد ومنصرف وأرصدة.

تقع عليه مسؤولية تنفيذ جميع التوجيهات الصادرة من الادارة العليا. في مجال تنفيذ السياسات المالية للجامعة والاشراف على إعداد الموازنات وتنفيذ جميع الاعمال المالية وفق النظام المالي المعمول به بعد المصادقة عليه من جهات الاختصاص.

هي من الشعب الرئيسية في الادارة عليها من مسؤوليات كبيرة وهي المختصة بالدفعيات النقدية من ملرتبات الاساتذة والعاملين بالجامعة والمصروفات الجارية النقدية على رأسها رئيس الشعبة الذي يقع على عاتقة مسؤولولية حركة النقود من البنك وحتى اتمام الصرف والإشراف على التسوية الشهرية بواسطة أفراد من المحاسبين.

مسؤوليتها عن الحسابات الجارية بجانب الخاصة بجانب وزارة المالية من إعداد مرتبات الأساتذة والعاملين من المدينين وإعداد مستحقات العسكريين والمتعاونين وعمل تسويات الشهرية والحساب الختامي ولجنة المشتريات.

من اهم الشعب خاصة بعد ازدياد الكليات بالجامعة وزيادة عدد الطلاب عبر النظام وفي نهاية السنة تقدم هذه الحسابات للسيد/المراجع القومي بغرض المراجعه للتاكد من أنها تسيير وفق القوانين واللوائح المقبولة والمتعارف عليها دوليا

1. المسئولية أمام الوكيل عن إدارة أموال وموارد الجامعة.
2. اعداد مقترحات ميزانية الجامعة ورفعها للوكيل ومتابعتها في المراحل المختلفة حتى اجازتها.
3. تنفيذ الميزانية المصدقة ومتابعة المنصرف من بنود الميزانية وفقاً للوائح المالية وتوجيهات الوكيل.
4. متابعة التغذيات الشهرية مع وزارة المالية ومصادر التمويل الأخري.
5. فتح ومتابعة خطابات الاعتماد الخاصة بشراء معدات المعامل والاحتياجات الأخري من الخارج.
6. تقديم المشورة الفنية للمدير وللوكيل متى ما طلب منه ذلك.
7. القيام بكافة الاجراءات المالية والمحاسبية ومسك الدفاتر المالية المتعلقة بالحسابات المختلفة وفق اللوائح والقوانين المالية.
8. اعداد الحساب الختامي الشهري والسنوي وفقاً لما تنص عليه لائحة الاجراءات المالية والمحاسبية لجمهورية السودان.
9. تقديم كافة البيانات المطلوبة من مكتب المراجعة الداخلية واتخاذ كافة الإجراءات اللازمة لتسهيل عملها.